一、浩罕汗国与沙俄对新疆的影响
（一）浩罕汗国对新疆的觊觎
浩罕汗国是在十八世纪初由中亚乌兹别克人在费尔干纳盆地建立的封建汗国。历史上曾长期依附于准噶尔部和布哈拉汗国等地区大国。在十八世纪中期，浩罕汗国国力逐渐强大起来，到十九世纪三十年代，汗国开始进入鼎盛时期，年至年之间的二十年是汗国的*金时代。从此，浩罕汗国成为中亚一股不可忽视的力量。早期的浩罕汗国，其势力仅限于费尔干纳盆地一带，但从十九世纪起，汗国开始向外扩张。经过二十多年的征战，其势力向北几乎扩张到整个锡尔河流域及楚河沿岸地区，南达喀尔提锦和达尔瓦兹，向东至鄂什，疆域辽阔，成为当时中亚最强大的势力之一。
但盛极而衰，从十九世纪四十年代起，以武力征服为手段而建立起来的浩罕汗国危机四起，内乱不止。汗国的中央集权与各地地方大封建主集团的矛盾，世俗势力与伊斯兰宗教上层势力间的矛盾以及汗国内部各民族之间的矛盾越来越尖锐。汗王的更替犹如走马灯似的国家的*局动荡不安，战乱使山河破碎、人民颠沛流离，曾一度繁荣的汗国走上了分崩离析的道路。
而外来势力的进入也加剧了汗国内部的矛盾，其中对浩罕汗国影响最大、与其矛盾最深的势力，则还要是统治新疆的清朝。早在十八世纪中叶，清朝就在派兵追剿大小和卓时与浩罕汗国发生了联系。不久，浩罕额尔德尼汗派使臣进京觐见，浩罕就此成为清朝的朝贡国。清朝准许浩罕通商并减免相应的赋税，这直接促进了浩罕的商业贸易的发展，并使其羽翼逐渐丰满起来。但浩罕表面臣服于清朝，遣使入贡，暗中却联络新疆境内对清朝统治不满的维吾尔族人，甚至保护和卓的后裔，趁机向新疆渗透。浩罕商人不断流入新疆境内，有的在当地安家落户，势力大增，并与本地阿奇木伯克相勾结，逃避征税。入贡官员也借免税*策大做走私生意，清朝不得不加以限制。但浩罕汗国不但不收敛，反而要求设立征税官阿克萨卡尔，这一无理要求自然遭到清朝的拒绝。浩罕汗国因此怀恨在心，以期报复。
年，浩罕国阿里汗又支持大和卓的孙子张格尔入疆建立所谓“赛义德·张格尔苏丹国”，出兵叶尔羌地区，史称张格尔之乱。清朝立即与浩罕汗国断交，全力出兵平定了叛乱。年，张格尔兵败被俘，送至北京后将其处死。这对浩罕国产生了巨大震慑。年，浩罕汗国请求与清朝议和，浩罕汗国答应清廷不再支持新疆分裂分子，清廷出于对出兵成本以及叛乱对新疆当地的影响考虑，不得不与浩罕汗国相妥协，双方议和。为了宁人息事，清廷在新疆问题上选择退让，默许了浩罕汗国向新疆六城地区派遣“长老”，行使领事特权的要求。浩罕汗国以其得天独厚的地理位置，一面维护浩罕在新疆的商业利益，把持中亚贸易节点，一面又在清、俄、英三国之间左右摇摆，通过三国之间的矛盾来为自己捞取好处，从而保证浩罕汗国垄断在六城地区的贸易利益。“浩罕酋谟哈马阿里势颇张，既与中国和，北结俄罗斯，南通印度。其人有才略，而性淫暴。”因此在张格尔之乱以后，浩罕汗国非但没有放弃其对喀什地区的野心，反而继续在暗地里支持和卓族人的复国行动，介入新疆事务。
（二）沙俄在中亚的扩张影响
自十八世纪起，沙皇俄国就不断向中亚，特别是七河流域进行渗透与蚕食，中亚开始沦为沙俄殖民地。沙俄充分利用中亚本地的权力真空，对当地原有势力进行分化，又利用其强于中亚诸国的*事实力，对不服从其管理的势力重拳出击。俄*与希瓦等汗国进行多次交手，逐渐取得了中亚大部的控制权。虽然受欧洲局势的影响，沙俄无力对中亚发动大规模的*事行动，但沙俄帝国的扩张是每时每刻的——俄*通过修筑堡垒，构建*事及殖民据点的方式，沿着乌拉尔河、锡尔河等众多水源地一路向东，不断巩固沙俄对哈萨克大草原的控制。
年，沙俄在克里米亚战争的失败，意味着俄国在欧洲的扩张告一段落，这反而让它的目光转移到了亚洲。而伴随着沙皇亚历山大二世的继位，中亚地区原有的微妙平衡被打破。俄*在各条战线上对中亚各国发起了进攻。沙俄先前所修筑的一系列堡垒据点，转身便成了俄*的哨站和补给点。年，沙俄彻底征服高加索地区，解除了最后向七河流域进*的后顾之忧。与此同时，俄国人为了确保自己在中亚的绝对优势地位，开始筹划于中亚修建铁路，通过铁路，源源不断的兵员物资和工农业所需物资进入中亚，从此俄*彻底取得了对中亚的完全优势。
年6月14日，俄*偷袭浩罕汗国重镇塔什干，一日便宣告城破。年3月，浩罕汗国与俄罗斯签订保护条约，使汗国成为了俄罗斯帝国的从属国。战败之后浩罕汗国内部发生*变，借由动乱上台的古德亚汗一面在浩罕市内开始兴建俄罗斯风格的新王宫，推行俄罗斯化以取悦沙俄，另一面又同时开始加强集权统治来巩固王权。然而这也未能阻止浩罕汗国瓦解的进程，浩罕汗国逐渐走向灭亡的道路。在扫灭了中亚残存势力之后，沙俄的目光盯上了已经陷入内乱的中国新疆。而在此之前，沙俄就已经通过《北京条约》、《勘分西北界约记》等一系列不平等条约，割去了新疆44万平方公里的西北领土。此时的沙皇俄国在等待一个机会，一个能让他鲸吞全疆的机会。
（三）清朝统治下的新疆
年，清朝平定准噶尔部，西域初定。年，平定大小和卓叛乱，至此南疆也尽归清廷。在基本稳定新疆之后，清朝开始了对新疆的全面治理。客观来说，清朝对新疆的经略治理，其规模和深度皆远胜于此前中原历代中央王朝，新疆经济社会得到前所未有的发展进步。
为了西北战事后勤保障，清*曾多次于新疆屯田，并在十八世纪后期就形成了包括兵屯、回屯、民屯、旗屯、犯屯在内的多种屯垦形式的农业开发手段，推动了新疆农业经济的进步和社会的发展，实实在在地推进了边疆的开发。在新疆战事结束后，吸引了内地居民大批入疆，这其中有派遣镇戍边疆的*人，也有由*府招募移民实边的普通百姓。大批满族、汉族、蒙古族、锡伯族、索伦族民众伴随着清**事行动进入新疆，新疆的民族成分与分布格局发生了很大变化。此后新疆的财*管理以及税收制度逐步建立，铸造局统一币制，逐渐同中原内地接轨。与处于战乱之中的中亚各国相比，和它们相领的新疆无疑是一处富饶的“地上天国”，也难怪浩罕国与沙俄等势力都对这块“肥肉”垂涎三尺。
二、混乱的新疆*局与阿古柏的入侵
（一）晚清国内的混乱局势
鸦片战争之后，中国逐渐沦为半殖民地半封建社会。面对来自西方殖民者的经济冲击和逐渐加深的压迫，各地都爆发了反对清王朝统治的武装暴动，不少地区甚至爆发了起义，清朝的统治遭到严重打击。十九世纪五十年代，清朝内部先后爆发天平天国、捻*、幅*和洪*等农民起义。年，在陕甘反清起义的影响下，新疆维吾尔族及回族人民也举行了起义。库车首先发难，热西丁和卓建立了以库车为中心的*权。乌鲁木齐、和田、喀什噶尔等地区也纷纷响应。一时间，在新疆同时出现了四个*权。即以乌鲁本齐为中心的妥明*权；以和田为中心的哈比布拉*权；以喀什噶尔为中心的思的克*权和以伊犁为中心的塔兰奇素丹*权。他们相互火并，对劳动人民进行更加残酷野蛮的封建统治，给新疆各族人民带来了更大的灾难。年，喀什噶尔封建主金相印和思的克伯克，利用维吾尔等各族人民在疏附的起义，企图以拥护“圣裔”号召群众，从浩罕将张格尔之子布素鲁克迎来喀什。临行前，浩罕汗国阿里姆库里对布素鲁克下达指示，要求将新国家的一切事务（如财经、收支、司法、官吏的任免等等）必须交由阿古柏一人决断，任何人不得参与。任何人绝对不能违反阿古柏伯克的命令。阿里姆库里将攻取新疆的大权交由阿古柏一人之手，这在事实上，就是浩罕汗国的一次对新疆的*事侵略。
（二）阿古柏其人与其侵略新疆
年，阿古柏出生在浩罕汗国的小市镇匹斯肯特，年少时他被家人认为是“固执任性”，一度放弃了让他继承父业的打算。而随着浩罕*局的动荡，阿古柏走上了以*事立身的道路。年，他在浩罕呼达雅尔汗的随从队伍中当了一名侍从，之后又投身于塔什干阿奇木的帐下，在浩罕内战时期，阿古柏的势力迅速坐大，并辅佐多位汗王上位，因此一跃成为浩罕国内最有权势的实力派之一。又在年左右，晋升为阿克麦吉特伯克，真正成为拥有自己势力和武装的一方诸侯。
阿古柏
在被阿里姆库里派遣入侵新疆之后，阿古柏立刻与南部的英国进行联系，购买了大量武器装备。在新疆当地的记载中，浩罕人“装备着新式的线膛枪和爆破榴弹炮，并且普及了各式英制火枪、火器与小口径炮”。年1月，准备充足的浩罕*队开进了新疆的喀什噶尔，曾经求援的思的克此时却又不甘心让浩罕人摘取胜利果实，密谋谋害阿古柏，召集所属部众围攻喀什噶尔。阿古柏纠集当地人组成*队，出城迎敌。思的克本人受伤溃逃，阿古柏获得了入疆以来的第一场胜利。
在稳定了喀什噶尔局势后。阿古柏挥师继续南下进攻莎车。与此同时，库车的维吾尔*权也派大*进攻莎车。浩罕*与库车、莎车等*队在南疆多次交手，均互有胜负。为能彻底击败其余势力，阿古柏决定率兵向巴楚进发，巴楚是南疆南北交通的要道，是进出莎车城的门户。年9月6日，阿古柏占领了巴楚，彻底切断了伊斯哈克与库车、阿克苏的联系。继而又击败了库车派来的援兵。成功将莎车城彻底围困起来，经过血战，阿古柏成功占领莎车城，一跃而成为南疆最强大的势力之一。
年，浩罕汗国再次被俄国支持下的布哈拉汗国击败，被迫将塔什干交给俄国人，剩余的大约名残部在伯克玉努斯江的率领下逃入新疆投奔阿古柏。得到这支生力*的阿古柏实力大增，进而连续攻克叶尔羌、和阗。同年5月，阿古柏回师攻占库车、库尔勒，完全侵占了整个南疆。随着阿古柏的不断胜利，他的野心也大为膨胀，他不再需要布素鲁克这位傀儡汗王来拉拢新疆民众，对于这位自己名义上的主君也不再尊重，于是他宣布取消“哲德沙尔汗国”，建立了所谓“洪福汗国”。自封为“巴达吾来特哈孜”，即汉文史籍上的“毕杜勒特”（意即“洪福之王”）。为了能够将自己的势力渗透进中亚和新疆，列强都向阿古柏*权抛去橄榄枝。年，英国派遣特使会晤阿古柏，承认其*权，次年，阿古柏也派出自己的亲信米尔扎·沙迪赶赴印度会见英国总督，以争取英国支持。英国为阻止沙俄向中亚进一步扩张，决定向阿古柏赠送大批*火，甚至允许其在印度招募工匠在喀什设立*工厂。年，俄国因形式所迫，也派人前往喀什会晤阿古柏，承认其*权。但与此同时，沙俄仍然没有停下对新疆的侵占，年，俄*悍然进入伊犁河谷，沙俄号称是帮助清朝防御阿古柏，这在事实上已经是侵占伊犁，是对中国主权的践踏。沙皇*府却假惺惺地表示：“俟关内肃清，乌鲁木齐、玛纳斯各城克复之后，即当交还。”拒绝归还伊犁，想趁火打劫。
在与英国、沙俄、土耳其等国建立了外交关系之后，阿古柏建立的汗国伪*权又获得了英国和土耳其等国的*事援助，年六月，俄国同阿古柏签订商约五条，一改以往的对抗态度，公开支持阿古柏占据新疆。同年，阿古柏同土耳其苏丹达成秘密谅解，双方互相派遣使臣，不仅如此，土耳其还向“洪福汗国”援助步枪枝，大炮30门，另外派遣3名*事教官负责阿古柏的步、骑、炮兵的训练。年十二月，英国同阿古柏签订商约，正式为阿古柏*权提供武器，包括：“几百枝斯奈德式后膛枪，扣扳机的恩菲耳德式来复枪，手枪和几挺机关枪。”一时间洪福汗国势力大增，不可一世的阿古柏决定继续东征。
为了进一步攻灭占据北疆的妥明*权，阿古柏装出一副“大清忠臣”的面孔，骗取了新疆本地爱国武装的信任，解决了其东征乌鲁木齐（即迪化）和吐鲁番的后勤问题。年，阿古柏带领全部主力倾巢而出，向北进发，越过天山，兵不血刃地攻取了达坂城，拿下了通往乌鲁木齐地区的桥头堡。紧接着，洪福*继续前进，在乌鲁木齐附近安营扎寨。退守迪化城的妥明想趁阿古柏立足未稳，偷袭洪福*大营，但突然天降大雪，突袭*队阵型混乱，人马嘶喊，被洪福*发现。阿古柏孤注一掷，将所有的士兵都投入了战斗，六万多回族士兵陆续被阿古柏剿杀，妥明主力全*覆没。阿古柏乘胜向迪化进攻，屠杀了一万多在城外跟随大*的诵经儿童，残酷的屠杀恐吓住了城内的人，妥明只好举城投降。战后，阿古柏任命马仲为乌鲁木齐大元帅，统辖呼图壁、玛纳斯和古牧地等六城，以扫清北疆的残余反抗*。紧接着，阿古柏又派兵攻克了古牧地和玛纳斯，势力已经深入北疆。同时，俄国为从阿古柏之乱里进一步获取利益，出兵占领伊犁。这样，清*除塔城、乌苏等少数据点外，其势力已经基本从新疆退出。阿古柏成为了大部分新疆的新主人，洪福汗国的势力就此达到全盛。
（三）新疆当地官兵*民对侵略者的反抗
阿古柏*权入侵新疆12年，依仗屠刀和血腥镇压对新疆各族人民进行野蛮的掠夺与统治。同时由于他的重税*策和严苛的伊斯兰教法统治，阿古柏在各地设立宗教法庭，强迫民众改信伊斯兰教。其所占各地分为设立伯克作为当地**长官，并对农民采取重税*策，通过对农民敲骨吸髓来满足自己*事扩张的需要，这严重的影响了新疆各地的生产生活建设，对新疆经济造成了破坏性的灾难。这些暴*遭到了大多数新疆当地居民的反对，大量农民自发的组织起来，反抗阿古柏的统治。为了推翻阿古柏的暴*，一批地方爱国官员和地主组建了团练武装，以武力对抗阿古柏，其中最有名的就是北疆的徐学功。在他的领导下，各支反“阿”武装屡屡主动出击，杀敌无数。在左宗棠的平疆大*到来之前，这些地方民团是唯一抵御阿古柏的武装，为维护祖国的统一与完整立下了汗马功劳。徐学功等人的功绩，得到后世学界的高度评价，《新疆图志》称：“徐学功，一时之枭雄也。负胜勇、饶声望……屡建奇功”；民国年间，曾问吾《中国经营西域史》认为“徐学功、孔才的功绩，不下于唐代的李元忠和张议潮，可谓后先映辉矣”；唐启宇在《历代屯垦研究》中评述说：“其他汉人义勇*，如迪化徐学功、吉木萨尔孔才、昌吉沈廷秀、绥来县赵兴体、奇台邓生玉、张和、张兴、张著、马进福等协助官*，使左宗棠、刘锦棠等得以奏勘定新疆之大功，其战绩亦有多者…”
三、清廷的应对
塞防与海防之争
阿古柏入侵新疆后，清*府一直在做着收复失地的努力。一方面，急调先头部队入疆：先后命宁夏将*穆图善、陕甘总督杨岳斌、直隶提督刘铭传、乌鲁木齐提督成禄等将领率*入疆，立即解除了署伊犁将*荣全兼任的乌里雅苏台将*参赞大臣职务，令其率兵即刻返回新疆，与俄国交涉伊犁问题。但各路大*均收效甚微，时人称平疆有“六难”，“新失肃州，溃至甘州，所部星散，如何成行？即有去者，损威辱国，于事无济”，乌鲁木齐提督成禄畏敌不前；刘铭传称病不遵令，且所部铭字*遇敌即后散溃逃；景廉在古城、沙山子一带与浩罕人，却劳师无功。无奈之下，清*府又于同治十二年（）急调张曜、金顺两*出关。另一方面，派清*主力入疆：随着内地各种反叛势力逐渐被消灭，清*府可以集中力量解决阿古柏问题。同治十二年（）年底，随着肃州攻克、云南杜文秀的同时平定，标志着持续20多年的太平天国运动、云南回民运动、捻*起义、陕甘回民运动一系列反叛运动结束。同治十三年（），清*府正式下令以左宗棠为进疆清*筹办粮运；景廉、金顺出兵克复乌鲁木齐、玛纳斯。
此时，清*本应迅速进疆，而清*府却陷入了一场塞防、海防的大争论。年，日本侵略台湾，清*府非常震惊：“以一小国之不驯，而备御已苦无策，西洋各国之观变而动，患之濒见而未见者也”。塞防、海防问题的讨论，历时近半年，双方均上书呈奏各自的观点。关于海防，直隶总督李鸿章提出要“练兵、简器、造船、筹饷、用人、持久”六条措施。据李估计，需要筹办经费至少余万两。此项费用计划从海关四成洋税和部库历年提存4成，这与西征新疆的资金同一来源，发生了矛盾。而左宗棠的意见相反，他认为“重新疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以卫京师”，应该塞防并重。于是塞防、海防如何取舍，成了必须解决的问题。左宗棠据理力争，多次向太后与皇帝上书，表示其对海防的重要性不表异议，但不应当用牺牲边防的办法来办海*。如果中国不能将新疆叛乱平定，俄国人就会继续蚕食西北领土，西方列强也会从沿海进攻作为呼应。俄国与日本或西方列强相比，其威胁更大。最后，清*府听取了左宗棠的建议。光绪元年（）三月二十八日，光绪帝下旨同意左宗棠的建议：“关外应先规复乌鲁木齐，而南之巴、哈两城，北之塔城，均应增置重兵，以张犄角。若此时停兵节饷，于海防未必有益，于边塞大有所妨。本日已降旨，授予金顺为乌鲁木齐都统，并将景廉调补正白旗汉*都统，与袁保恒一并谕令来京供职。左宗棠以钦差大臣督办关外剿匪事宜，金顺帮办关外剿匪事宜。”
塞防与海防之争
四、左宗棠收复新疆之前的准备
明确的打击对象、清晰的进*路线、有序的进攻步骤是一场战争能够胜利的前提。在奉命担任钦差大臣前，左宗棠就已经着手进行了部分前期准备工作。他根据敌我情况和新疆当地的自然地理条件，制订了缓进急战、先北后南的战略方针和作战计划，并亲自筹集*饷、采运*粮、整顿*队、改善装备，完成了收复新疆的作战准备。此外，左宗棠决定采取精兵*策，汰弱留强，认为“自古塞外用兵，在精不在多”，“兵之用在精，兵之精在将”，通过裁撤各*冗员，精简各级*务，节省不必要的*费支出。
此外，左宗棠在裁汰清*冗员的同时，也在各支一线作战部队内挑选精干士兵，对缺额的西征部队进行兵员补充，还为*队配备了良好的枪炮等武器装备。以下是清*各部火器的大致增补情况：冯桂增部添置布鲁斯螺丝后膛开花大炮1尊；金顺部出关时增配开花大炮1门；张曜部配有马步14营，队伍整肃，士饱马腾，左宗棠又把新制造的连架劈山炮10门，布鲁斯二号螺丝后膛炮1门，七响后膛枪炮（枪）30杆配给张曜*；侯名贵部炮队配有大炮2门，车辆小炮4门，七声鸟枪支；刘锦棠所部，除原有枪炮外，出关时左宗棠曾配给开花后膛大炮2门，车架开花后膛炮4门，后膛七响枪枝，快响枪80枝，并且在各*出关后还陆续提供了一批新式武器。包罗杰评价到：“这支在西域（指新疆）的中国*队完全不同于所有以前在中亚的中国*队，它基本上近似一个欧洲强国的*队”。经过整顿，西征*兵额充足，兵强马壮，领导有力，火力强大，部队战斗力大大增强。
左宗棠又以陕甘乱*作为这只西征*的磨刀石，将扫清乱*据点的任务交由西征*负责。通过西征*的一系列战斗，左宗棠也在推进对*队将领的整治，从一线战斗部队中提拔猛将，排斥只凭借身份而无才干的纨绔贵胄。刘锦棠、徐占彪等将领就是在这一时期得到迅速提升，成为了西征*的中坚力量。
在精兵强器的同时，左宗棠也加大了对后勤与*饷的整治。年开战在即，各省积欠陕甘*费已达余万两，单单只靠各省关协饷远不能满足西征大*所需。于是左宗棠援引沈葆桢为台湾防务借款的旧例，请求向列强洋行借款一千万两。不料却遭时任两江总督沈葆桢反对。几经波折，清廷最终下诏，令户部拨款万两、各省协饷万两，准左宗棠自借洋款万两作一时权宜之计，此后清廷又多次向列强借款以解燃眉之急。此外清廷下旨，在战时由户部、西征粮台和各地专饷同时供应征西*，一切银饷优先供给左宗棠部。关于西征*粮草运输，事先命西征*前锋部队统帅张曜，驻*哈密兴修水利、屯田积谷，基本上可以解决屯田部半年*粮所需。然而毕竟缓不济急，为购买和运输*粮，清*府紧靠前线，设置了众多的前敌粮台，左宗棠多设局而少设置台，并严格管理。
此外，左宗棠为应对*队可能出现的紧急缺粮采取了一些应急措施：一是紧急挪用，由于战时粮料供应不足，前线有限的粮草只能先照顾需求大或是有急用的部队；二是分散就食。在大*行动时，将部队拆分成多支小部队，待后续粮草备齐后，再分批进发，从而保证一线部队粮草充足。而在大*驻防时，如果某地的*粮供应不济，就把当地部队分散到附近粮食多的地区就食；三是兵随粮走。*队扎营时，优先选择驻扎在粮草充足的地区，从本地获取供给，节省粮草和运输损耗。在解决了新疆的补给问题后，左宗棠又建立了四条大*的后勤购粮路线，以确保大*无后顾之忧：第一条路线是河西走廊，经由陕西、甘肃采购*粮，出嘉峪关，过玉门，运至新疆前线的哈密；第二条路线是蒙古商道，由包头、归化、宁夏经蒙古草原运至新疆东部的巴里坤及古城一带；第三是在新疆东部采买；四是向占据着伊犁河谷的俄国人购买，这也是左宗棠的无奈之举。此外，因为西北路途遥远，后勤运输压力极大，寻常运粮方式难以保证运量。于是左宗棠于官运之外借用民力，节节转运。在路途遥远的粮道上设立节点，将长途变为短途运输，大大减少了粮草在运输中的损耗，这也使得西征*的后方再无隐患，从而能够全力收复新疆。
通过对西北清*的一系列整顿，左宗棠终于筹集了一支以汉族、满族、回族等各族兵丁为主，战斗经验充足，战斗力强悍的西征大*。清*兵力大致如下：张曜统领的嵩武*（豫*）16个营，满洲将领金顺所部40个营，徐占彪所部蜀*7个营，刘锦堂所部湘*25个营（含董福祥统领的回民*3个营），征调的金运昌所部卓胜*（皖*10个营，合计98营，兵力近6万人。至此，入疆作战的条件已然成熟，清*与阿古柏的大战一触即发。
五、收复新疆之役
年4月7日，左宗棠从兰州移营肃州，并将其作为西征*的大本营，准备于此发起进攻。当时，清*已经有部分兵力驻守在哈密、巴里坤、古城、塔尔巴哈台等战略要地，率先与阿古柏*相对峙。4月底，左宗棠命总理行营营务、湘*统领刘锦棠为西征主将，节制入疆各营，并率马步兵主力25营分批入疆，经哈密前往巴里坤，大战正式爆发。
左宗棠抬棺西征
（一）北疆攻势
当时清*在新疆有98营兵力，约5万人，分别部署在哈密、巴里坤、古城各处。此外，清*在甘肃后方也有4万到4.5万人的部队，虽然他们中的大部分只是城市驻*，但对阿古柏的浩罕人也有着一战之力，可随时增援新疆。在正常情况下，这些陕甘的驻*不会主动出击，而是负责后方的防务。这使得新疆前敌将领们完全不用管哈密与巴里坤以东的交通线，能够集中全部精力向西作战。
年夏季，清*主力西进，六月初一，主将刘锦堂率所部各营进抵济木萨，与先前驻守此处的金顺协商，决定满汉两*协同作战，共同西进。行*沿途各要隘均派各营驻守，以确保大*后路安全。主攻部队约3万人，刘锦堂拟率先攻取古牧地，再克乌鲁木齐。而在另一方，阿古柏派遣防守北疆的将领是陕甘叛*先前投降阿古柏的白彦虎、马人得和马明等人，敌*总兵力大约2万人，分别镇守在乌鲁木齐、昌吉、呼图壁、玛纳斯等地，而其主力近人驻扎在乌鲁木齐东北角的古牧地，以其作为防卫乌鲁木齐的屏障，阻挡西进的清*主力。洪福汗国主将白彦虎企图以天山为依托，以乌鲁木齐为中心，以古牧地为外卫，将清*阻拦在北疆的原野中，让清*得不到后勤补给，拖死在坚城之下。
六月初八，金顺进驻阜康县城，刘锦堂则驻扎在城东的九营街。为阻挡清*，白彦虎在古牧地四周均筑卡树栅，严密防守，企图切断清*水源，待清*人马渴乏时，以逸待劳，一鼓作气战而胜之。为了迷惑敌人，六月十九日，刘锦堂调集步*各营，到阜康县城西门外十里处开沟引水，并大张旗鼓地就地筑垒建营。二十日，刘锦堂又派兵士排列在甘泉堡，故意装作挖掘水井的样子，向敌*做出一副要走大路的样子，吸引敌*注意力。在刘锦堂的迷惑下，白彦虎果然中计，将其驻防*多布置在大路方向。二十一日夜，刘锦堂亲率大*夜行，会同金顺部袭击*田。刘锦堂分派各*，金顺、刘锦堂、余虎恩、谭拔萃等部负责进攻；谭和义、唐国华等部负责守护辎重。经过激战，守卡敌人放弃辎重逃窜，清*一直追到古牧地方才停下脚步。此战毙敌极多，生擒21人、夺获旗帜、枪械10件、战马23匹。二十七日，刘锦堂认为古牧地外围的关垒已经攻克，清*已经将城池包围。乌鲁木齐的守*出城救援古牧地，却被提前准备好的清*在途中截杀，剩余的守*不敢再出城，古牧地的守*已被放弃。清*此时已经具备了进攻条件，刘锦棠于是下令各部向古牧地守*发起总攻。清*开始在古牧地四周修筑炮台，在刘锦棠的要求之下，炮台修建的比敌*城墙还要高，等炮台就位，清*开始火力覆盖。在发起进攻的当日，炮营的开花大炮就轰倒东、北两面城垛各一二丈；二十八日，又将城东南墙垛轰塌。清*即刻三面猛攻，鏖战俩个时辰，攻入城中，将城中近敌*精锐砍杀净尽，有逃出的残部也被城外马队截杀，无一漏网。此战生擒敌人人，清*仅阵亡副将陈百顺等两员，光复古牧地。刘锦堂认为“古牧地即克，守敌尽歼，逆贼必闻风胆落，乘胜直捣，一鼓可下”。二十九日黎明，清*抵达迪化城东，守*纷纷逃窜。清*分途猛扑，立将乌鲁木齐、迪化州城池及伪王城同时克复，附近的敌*望风而逃，清*基本收复乌鲁木齐大区。
刘锦堂克复乌鲁木齐等地后，玛纳斯北城守将余小虎等人见势不妙，已于六月底先后翻越山麓向南逃窜，玛纳斯南城土回头目也于七月一日向南逃窜，剩余敌*不肯投降，踞城死守。清*屡次猛攻，均未得手，且步营伤亡极大，若在玛纳斯僵持太久，无疑对左宗棠和刘锦棠的布置产生影响，因此，必须要迅速扫清北疆的残敌，向南进*。于是刘锦堂派谭拔萃、罗长祜、董福祥等大将率步兵6营，马队5旗前往助战。七月十五日，清*副将金顺更是亲率所部抵玛纳斯南城，派兵将城池团团包围。二十日，清*再次在城外修筑炮台，并用后膛开花大炮轰塌了城东北角楼，毙贼四百多名。二十六日，刘锦棠又派出提督马玉崑前来助阵，清*加大了攻城力度。八月二日，主攻西北城楼，毙贼三百多人。在围城时，清*不停用后膛开花大炮轰击城西、南两面，给敌*带来了极大的压力。十五日，各*合计攻击，已击毙敌人七百余名。二十六日，荣全也抵玛纳斯参与会剿。二十九日夜，清将方春于关厢内挖掘地道埋设炸药。九月一日，方春部引爆炸药，将城墙成功轰塌两丈余。清*同时释放开花大炮，击毙敌*元帅韩刑脓。进入九月，双方又展开数次激战。十六、十七日，残存敌*乘夜越壕，却被清*击退。十九日夜，守敌头目海晏前往徐学功营乞抚，提出愿意“呈缴马械，捆献各逆首，然后造余众名册，听候点验。”二十一日早上，贼众大约人突出西门，但老幼妇女居中，悍匪持枪械排队夹护。清将金顺看出有诈，下令让各*严防，派徐学功向前喊话，令敌抛弃枪械，仍准免死。敌将伪元帅何碌忽开炮，剩余部众扑向清*战壕。但清*早有防备，发起反攻，将城内及逸出之贼迅速击毙，将老幼妇女全部释放。当日，玛纳斯城克复。清*成功在不到90天的时间内，收复了除伊犁河谷以外的北疆大部，扫清了阿古柏在北疆的众多据点。
（二）天山战役
虽然北疆基本被清*收复，但阿古柏主力没有遭到大的损失，力量依旧不容小觑。阿古柏听闻北疆尽失，于是加强了南疆门户的防御力量，他令洪福汗国主力*进至达坂城、吐鲁番和托克逊三城，摆出一个三角阵型等待清*到来，具体布置如下：阿古柏命令其次子海古拉在吐鲁番修建坚固的堡垒，又在托克逊新建两城，派精干力量守卫，令其互为犄角防御；又令白彦虎，马人得固守吐鲁番，应对哈密方向的清*；而最重要的达坂新城位于两山之间，城墙高厚，被誉为“黑虎城”，这由深受阿古柏信任的大总管哈爱伊德尔呼里率重兵据守。阿古柏本人亲自则率重兵在喀喇沙尔策应前线。阿古柏积极备战，试图依靠坚城，将清*铁骑挡至南疆外。而在另一方，刘锦棠计划大*由三路挺进：刘锦棠部为北路，由乌鲁木齐南下进攻达坂城；张耀部为东路，哈密出发，向盐池推进；徐占彪部为东北路，自巴里坤出发，渡过木垒河，翻越天山南下，在盐池同张曜部会师后，合攻吐鲁番。而在攻克吐鲁番后，张、徐两部应迅速南下，直接进攻托克逊。最后三路清*共计2万余人合击阿古柏主力所在的喀喇沙尔。
年三月初一，刘锦堂率马步各营及开花炮队从乌鲁木齐出发，越过天山向南进*。初三，抵柴窝铺，下令各部必须当天夜里急行*至达坂城下，将城包围。而守敌则颇为狡猾，为了抵御清*，不惜掘开堤防，将湖水引到路上，“进城一派草湖，淤泥深及马腹”。清*行*困难，但仍然横渡沼泽地，在天亮前成功将城池包围，随后刘锦棠率后续炮营等辎重部队到达前线，巩固防线并再次开始修筑炮台。天明雾收，敌人发现已遭围困，大为惊恐，向清*开火。官*出现伤亡，刘锦堂坐骑也中枪立毙，刘锦堂镇定自若，易马而前，令官*筑垒掘壕，以断援贼。初五日，从托克逊方向有约六百名敌人来援助，被清*轻易击退，追逐五六里。溃逃的敌*将另一批来援之敌一千余人冲散，稳不住阵脚，于是两伙敌人一并狂奔而逃，达坂城后援已断，城破只是时间问题。很快，城中的维吾尔族群众逃出，向清*报告：城内守*期盼的援兵迟迟不到，人心不稳，主将哈爱伊德尔呼里已经准备突围逃跑。于是刘锦堂下令各营严防，夜间点起火把，光如白昼。三月初六，城东炮台建成，刘锦堂下令向城内开炮，先轰敌人大炮台，再轰击月城及城垛，三尊大炮炮不间断连环轰击，持续了一个时辰。城中炮台坍塌，城墙出现多处缺口。而清*的最后一次齐射又击中了敌*火药库，引起大火，城墙也在多次轰击下垮塌，城中人马伤亡惨重。清*趁机发起总攻，敌*无一人一骑漏网。此战击毙敌人余名，生擒1余名。达坂城攻破后，十一日夜清*继续急速进发，十二日抵达白洋河，兵分两路：一支向东援助张、徐两部进攻吐鲁番；另一支则向西南进攻托克逊城，由刘锦堂、谭上连、*万鹏等人负责主攻。
阿古柏在吐鲁番部署有“3名骑兵和0步兵，20尊炮，但绝大多数是旧产品”。不过进攻吐鲁番的清*却很顺利。守将白彦虎听闻清*两路来攻，提前溜之大吉，只留下马人得一人苦苦支撑残局。十三日，谭拔萃、罗长祜等抵达吐鲁番，当时张曜、徐占彪两*同日从东路赶到，两路夹击，将吐鲁番满、汉两城克复，守*将领马人得和阿奇木伯克等人只得投降保命。另一路，阿古柏在托克逊驻扎有“骑兵和步兵，有炮5尊”，在进攻托克逊的途中，刘锦堂接到托克逊当地维吾尔族群众报告：托克逊守*见达坂城失守，大小头目无一漏网，惊惧不已，急于逃窜；从吐鲁番逃跑的白彦虎在此处四处抢掠，胁迫当地维吾尔民众随同奔逃，报信的维吾尔群众向官*哭泣，请求官*迅速救援。于是刘锦棠下令骑营不必等待后续部队，直接与阿古柏*在托克逊城外野战。海古拉所部与清*一战即溃，四散而逃，清*抓住战机迅速追击，一路追杀，解救被裹挟当地群众两万余人，击毙敌人约四百人。快到托克逊城时，敌*举火自焚存粮、火药，弃城而逃。二十三日，清*收复托克逊城，南疆门户大开，战争的形式已从根本上逆转，阿古柏的败亡只是时间问题。
（三）大局已定—阿古柏之死与南疆之战
清*的天山战役结束后，阿古柏的主力均在西征大*前纷纷覆没，洪福汗国再也不能对清*造成实质性的威胁。阿古柏本人听闻三城已失，大惊之下撤往南疆，南疆本是是阿古柏的大本营，但此时南疆各地人民纷纷起义，反对阿古柏的反动统治。此时的阿古柏眼看着反抗四起，已然绝望，认清了此时的形势，他本人于库尔勒服*自杀（一说是气急暴病而死）。但阿古柏暴毙过于仓促，离世之时还未安排继承人问题，为*权留下了隐患。果然，阿古柏刚刚暴毙，他的两个儿子就为了汗位大打出手，其长子伯克·胡里在喀什噶尔称王，与次子海古拉在库车交火并成功杀死了他自己的弟弟。战后坐稳了汗位的伯克胡里令白彦虎防守喀喇沙尔、库尔勒等地，试图继续顽抗。
在达坂、吐鲁番之役结束后，清*考虑到各种困难，没有立刻向南继续进攻。这主要是因为南疆各地路途遥远，经济较北疆有所落后，在当地筹粮多有不便。吐鲁番距离喀喇沙尔里，而托克逊距离里，沿途产粮不多，需要裹粮而行。又值青*不接，采购运输都很困难，进*南疆“拟俟新秋采运足供，鼓行而西”。年九月，刘锦堂在修整一段时间后，做好了长期作战的准备，亲自率兵从托克逊继续向南推进。
西征*开赴喀喇沙尔前线与洪福主将白彦虎对峙，刘锦棠兵分两路，绕博斯腾湖前进，但白彦虎再次不战而逃，十月初清*先后兵不血刃地收复喀喇沙尔和库尔勒。刘锦棠听闻白彦虎一路劫掠民众，于是兼程而追，一路与残兵数次交战，并于十月18日兵临库车城，一举歼灭敌*。此战前后近半个月，刘锦棠所部清*昼夜奔袭近两千里，解救被胁迫民众十万余人。但此刻的清*已经势不可挡，洪福汗国的*队丢盔弃甲，已成惊弓之鸟。紧接着，10月19日收复拜城，24日轻取阿克苏，25日攻克乌什。至此，东四城喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什接连克复。刘锦堂原计划，在占领南疆东四城后各*原地修整，等待后续补给驼队。但在此时，刘锦棠突然收到南路情报：和阗伯克呢牙斯听说官*西进，带领其部众起兵响应，并率*攻打叶尔羌，后被阿古柏长子伯克胡里从喀什噶尔兵打败。但前脚叛乱刚刚平定，后脚在喀什噶尔驻守的原清*何布云宣布反正，他们占领了喀什噶尔汉城，并与清*取得了初步联系。年11月24日，听闻后院起火的伯克·胡里回师救援，他率领所部一万多人围攻喀什噶尔汉城，眼看洪福*攻势不断，原喀什守*将领何步云一面亲自登城组织防御，一面又向清*求援。当时留在城内的英国人后来回忆道：“但他们（伯克·胡里）的一切尝试都归于失败，驻防的中国人表现的很英勇。他们不仅击退所有进攻，而且经查在夜间出击，使包围者受到重创。”刘锦棠在接到*情的第一时间就迅速做出决断，其原计划先取叶尔羌、再收复喀什噶尔、英吉沙尔、和阗等重镇。但看到喀什噶尔兵民反正，已经占据汉城，机不可失。则令兵分两路：一路由悍将余虎恩率领步兵三营，骑兵一队，桂锡桢马队一营一旗，从阿克苏取道巴楚，再次分兵进*，分别支援喀什噶尔和进攻叶尔羌；另一路由*万鹏等人指挥，从乌什取道直插喀什噶尔。年12月17日，清*收复喀什噶尔，伯克·胡里、白彦虎等残余分子逃往境外。21日，收复叶尔羌。24日，又收复英吉沙尔。年1月2日，势如破竹的清*进入和阗城，和阗光复。至此，除了俄国占领的伊犁地区外，清廷将新疆全境收复。
七、清廷在外交战场的对策与和平收回伊犁
在清*迅速收复新疆的同时，左宗棠的目光始终注视着被沙俄侵占的伊犁河谷。而对新疆早已垂涎三尺的沙皇俄国，在中国平定阿古柏的过程中，也有着自己的算盘，其表现异常活跃。年，沙皇召开御前特别会议，成立了所谓“中亚细亚今后决策问题特别委员会”，决定用武力征服中亚南部浩罕、布哈拉、希瓦诸汗国。至年8月，也即阿古柏祸乱新疆期间，中亚南部三汗国先后沦为俄国的附庸，名存实亡。此后，俄国侵略扩张的势头却没有丝毫减慢，其矛头直接指向新疆。随后，沙俄趁清*无暇西顾之际，直接占领了中国的伊犁河谷，俄国认为侵占的伊犁可以获得大量利益，该地“气候和暖，人民殷庶，物产饶裕，西陲一大都会也。”
中国取得平定阿古柏战争胜利之后，向俄国正式提出了收回伊犁地区的合理要求，但俄国*府却一再推迟，在清*府的紧逼下，最后，俄国威逼利诱清*府的代表崇厚签订了丧权辱国的《里瓦几内条约》。规定中国赔偿俄国占领费万卢布（合银万两），并要求清*府割让伊犁地区及霍尔果斯河流域一万九千余平方公里的土地以支付俄*在伊犁的“保护费”。
消息传出，全国哗然，纷纷要求惩办崇厚、武力收复伊犁。有志之士认为，“有必战之心，然后战无不胜，有必胜之势，然后事无不成。反中国积弱之弊，消俄人蚕食之谋，慑外洋觊觎之心，振志士奋发之气，未尝不在此举也。”左宗棠亲自前往一线战场，指示前线将士，做好武力收复伊犁的准备。年4月，左宗棠开始部署驻守在新疆的*队，甚至准备与俄*开战，计划以刘锦棠步骑万人出乌什，张曜所部七千人从阿克苏分两路直取伊犁，金顺所部万余人扼守晶河，以防备俄*东犯乌鲁木齐。同年5月底，左宗棠亲自领兵出征，以六十九岁的高龄，拖着病体，冒着盛夏的酷热舆榇出关，誓与沙俄决一死战。6月15日，左宗棠进抵哈密，命令各*戒备。沙皇*府见先前的布局失效，于是恼羞成怒，一面增兵伊犁与清*对峙，一面调遣*舰东来，向清*府施压，虚张声势。清*府在沙俄可能的战争威胁下被迫服软，于8月11日调左宗棠回京，阻止了伊犁地区局势进一步升级。同时召回崇厚，改派曾国藩之子曾纪泽为全权谈判代表。
尽管左宗棠被内召回京，但在其离任前积极备战的准备下，局势开始向清*府一方倾斜。身处圣彼得堡的谈判代表曾纪泽的外交谈判也取得了进展。而沙俄对左宗棠被召回一事不明底细，误认为中国有“动兵之意”，并就此事几次问及曾纪泽。当时，沙皇*府刚刚结束了俄土战争，财*已经涸竭，而且清*在新疆一带具有兵力优势，两国漫长的边境线也不利于沙俄在此时开战，沙俄主要谈判代表若米尼承认：“战争对于我们将是耗费巨大、没有止境而又无益的。”迫于形势，沙俄不得不从原来的强硬立场上做出让步。俄国在中国所给予的*事压力面前，同意重新谈判。年2月21日，即左宗棠到达北京的前三天，双方在圣彼得堡签订了《中俄伊犁条约》，沙俄同意归还《崇约》划走的特克斯河谷和通往南疆的穆扎尔山口，但仍占有霍尔果斯河以西地区。此外，放弃了俄货由嘉峪关运进内地的要求；但赔款却由五百万卢布增至九百万卢布。对于中国，这仍然是个不平等条约，但与《崇约》相比，总算收回了一些权益。当时西方的外交官曾说：“中国逼使俄国做了她从没有做过的事，那就是吐出了她已经吞进的土地。”年，俄*终于撤出伊犁，清*成功拿回了新疆全境，维护了中国的主权完整。
八、收复新疆的意义
左宗棠收复新疆，在我国近代历史上是一件有重大历史意义的事件。在新疆当地各族人民的大力支持下，清*成功将窃踞、盘踞新疆长达十三年之久的阿古柏反动*权（即所谓“洪福汗国”）一举扫进了历史的垃圾堆，沉重打击了英国殖民者在新疆的扩张阴谋，并使沙皇俄国鲸吞天山南北的美梦成为泡影，是对国家主权的维护。左宗棠收复新疆的胜利，捍卫了祖国领土的完整，显示了中华民族抵抗外侮的决心和力量，也有利于新疆地区社会的稳定，促进了其经济、文化的发展。19世纪末，新疆出现的危机，也使得日后清*府更加重视对此地的统辖。年，清*府接受左宗棠的建议，在新疆建立行省，设置州县，任命参与收复新疆的刘锦棠为第一任巡抚。新疆建省，对强化清朝中央*权对新疆的管辖，开发我国西北边疆，促进新疆各族经济文化的发展，保护国家统一和领土完整，都有积极意义。
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