一两大同盟的成立
在腓力二世承认了根特协定的合法性后，尼德兰似乎迎来了和平，但内部的分裂和动荡在持续发酵。在低地南部，更为保守和落后的阿图瓦与埃诺于年1月6日在阿拉斯组建了联盟。埃诺议会宣称，他们反对“宗派主义者及其支持者的野蛮暴行和暴政，因为这些人的行为比西班牙人还过分”。阿拉斯同盟首先是一个天主教同盟，是第二次布鲁塞尔联盟的延伸。四个月后，年5月17日，阿图瓦和埃诺在阿拉斯与国王和解，并签订了《阿拉斯条约》（PeaceofArras）。有了这一条约，他们基本上实现了政治野心。条约的内容在很大程度上让人想起16世纪60年代的抵抗理想：没有外国军队的国家，国王在贵族的同意下统治，因此，阿拉斯同盟没有背叛共同的政治理想，没有“叛国”。然而，条约的签署者对给予新教徒更大的自由不感兴趣。
年1月，在阿拉斯同盟成立的当月，乌得勒支同盟成立。它是由拿骚的约翰发起的，年至年间，约翰是海尔德兰的执政。这个同盟的成员包括海尔德兰、荷兰、泽兰、乌得勒支和弗里斯兰，以及布拉班特和佛兰德的一些大城市同盟搁置了许多问题，比如关于国王和天主教信仰的问题。因此只要没有人因宗教信仰而受到起诉，每个省都可以制定自己的宗教规则。实际上，奥伦治亲王反对乌得勒支同盟，因为它分散了人们对旧理想的注意力，即团结整个尼德兰反抗西班牙人。最终，直到5月3日，他才签署了一份正式文件表明支持。上艾瑟尔也以同样的方式表示了支持。现在，低地国家有不同的领地群体：仍然效忠国王的省份（卢森堡、林堡和那慕尔），集合在天主教阿拉斯同盟中的省份，加入了乌得勒支同盟的省份，表面保持中立实际信奉新教的省份，以及布拉班特和佛兰德的一些尚未正式签署任何一项条约的城镇。当然，乌得勒支同盟覆盖的领土将很快与起义省份的领土重合。
蓝色的乌德勒支同盟和黄色的阿拉斯同盟。
在国王的支持下，两大同盟很快就开始了新的冲突。起初，在西班牙人的军团面前，数个低地地区不得不屈服，而许多天主教徒也开始声援西班牙人。在局势似乎一点点倒向西班牙人的时候，腓力二世却做出了让低地总督法尔内塞（他在唐·胡安逝世后接任了低地总督的职位）失望的决定——将主要力量拿去征服葡萄牙。这意味着总督将会失去来自西班牙的财政支持和军事援助，垂涎葡萄牙海外财富的腓力二世对低地起义做出的最积极行动只是宣布奥伦治亲王为国家叛徒，而作为回应，亲王说服了议会授权出版了他的辩词《护教书》。亲王以他的座右铭“坚持不懈”（Jemaintiendrai）结束了《护教书》。这句座右铭最初的表述是JemaintiendraiNassau，保留了亲王的荣誉、家族和领地。渐渐地，亲王省略了“拿骚”这个词，这一变化可以从年的一幅肖像画中看出。在后来的几年里，他赋予了这句话更广泛的含义。例如在给荷兰议会的一封信中，亲王在结尾写道：“我会捍卫你们的决定。”（cequiparvouserarésolu，jelemaintiendrai）由于这个更广泛的意义，这句格言后来出现在荷兰王国国徽的下方。
奥伦治亲王威廉的肖像，画像上有他的座右铭“坚持不懈”。捐赠人亚伯拉罕·德·布勒因（AbrahamdeBruyn，约—年）
议会和公爵原本想让法国国王的弟弟，安茹公爵来担任新的尼德兰统治者并以此获得法兰西的援助。但法兰西人与低地的历史冲突，以及两者宗教上的差异让许多尼德兰人不愿意接受这个天主教统治者。双方很快分道扬镳，让西班牙人免于低地被法国夺走的命运。年7月10日，奥伦治亲王被来自勃艮第自由伯国（弗朗什-孔泰）的巴尔塔扎·热拉尔（BalthasarGérard）刺杀，就在亲王位于代尔夫特的家［现在被称为普林森霍夫（Prinsenhof）］中，巴尔塔扎·热拉尔在楼梯上射杀了亲王。亲王胸口受伤，瘫倒在地。据说，亲王临终前说：“我的上帝，我的上帝，怜悯怜悯我和这个可怜的人吧。”（MonDieu，MonDieu，ayezpitiédemoietdecepauvrepeuple）他的妹妹拿骚的卡特琳（CatherineofNassau）问他是否把灵魂交给了基督，亲王回答说“是的”，然后便一命呜呼。
奥伦治亲王在代尔夫特新教堂里的简陋坟墓。直到很久以后，三级会议才为奥伦治亲王建造了一座更得体的坟墓
尽管那些尊敬威廉亲王的人将其称作国父，但这个在他的引导下成立于尼德兰北部的新教共和国并不是奥伦治亲王心目中的祖国，不管是地理上的还是宗教意义上的。从地理上讲，他的支持者控制的领土不到整个尼德兰的一半。在思想上，他的理想也只实现了一部分：良心的自由得到了保证，但他同时代的人却不愿意接受完全的宗教自由。亲王心目中真正的祖国包括了所有的低地国家，就像查理五世留给腓力二世的那样：这才是奥伦治亲王在皇帝的军队和布鲁塞尔国务委员会任职时效忠的祖国。
二共和国的反攻
事实上，即使奥伦治亲王没有被刺杀，他也难以阻止西班牙总督的攻势。年4月7日，经过6个月的围攻，法尔内塞攻占了伊普尔一个月后，他包围了布鲁日。这座城镇在投降前并没有坐以待毙每一个投降的城镇都得到了体面的甚至是有利的条件。当然，最初法尔内塞也选择了强硬的方式。他的战略主要是破坏各城镇的经济基础。因为他没有财力和人力去围攻所有的城镇，所以他让骑兵把城镇周边的乡村居民都赶出来。这样一来，这些城镇不仅失去了食物供应，而且还有更多的饥饿人口需要养活，此时再进行封锁通常可以使他们更快投降。年，法尔内塞占领了奥伦治亲王威廉的领地迪斯特（Diest）的小城齐克姆（Zichem），杀死了所有男性。
年6月，法尔内塞又占领了马斯特里赫特，这是他最后一次允许手下抢劫、杀人，而且这可能是因为他卧病在床无力阻止。在那之后，他占领的城镇都免于这种暴行。在登德尔蒙德和维尔福德（Vilvoorde）被占领后，根特也于年9月17日投降。除了名本地居民外，根特市还收容了名难民。之后，法尔内塞开始进攻布拉班特的主要城镇。年2月28日，他开始与布鲁塞尔谈判。仅仅十天之后，布鲁塞尔再次被王室统治。
作为一名政治家和战略家，法尔内塞的才华主要表现在攻占安特卫普一事上。他在瓦斯地区的贝弗伦市（Beveren）西部的斯海尔德河左岸建立了总部。在那里，一座教堂的墙壁上有一块浮雕，纪念了他把攻占这座城市的功绩献给圣母马利亚一事。和早先的围攻一样，这次法尔内塞也带了一批精选的工程师，正是他们的技术支持使他的军事行动成为可能。一座巧妙的浮桥封锁了安特卫普北部的斯海尔德河，阻断了被困城市的粮食和弹药供应。虽然城市周围的一部分土地已经被水淹没，但水都不够深，仍然露在水面之上的堤坝成了激烈交火的战场。最惨烈的是库文斯坦大堤（Kouwensteindyke）上的战斗。奥伦治亲王曾经下令破坏这座大堤，这样安特卫普和泽兰就可以保持连通，不会被包围。但是城里的肉贩为了让他们的牛在那里吃草，拒绝破坏大堤。堤坝上的战斗结束了，法尔内塞亲自率领的皇家军队取得了这场激烈战斗的胜利，这座城市的命运已经注定了。
法尔内塞跪在圣母马利亚面前，将攻占安特卫普的功绩献给她。年加弗兰圣母礼拜堂入口上方的弧形顶饰，位于安特卫普西部贝弗伦的梅尔塞勒
起义军只能利用法尔塞尔的唯一弱点，同时也是西班牙人在低地地区的最大劣势：缺乏强大的舰队。西班牙军队只能封锁内河的航道，却无法真正意义上包围沿海的城市。年11月13日，年仅18岁的拿骚的莫里茨成为了新的荷兰执政。起初，荷兰议会同意了来自英格兰的莱斯特伯爵担任总督。但他能力上的不足，以及伊丽莎白女王对西班牙舰队传闻的畏惧加深了议会对其的不信任。在法兰西总督和英格兰总督的手下经历过如此多的不快之后议会决定，他们自此以后将在没有外国支持的情况下进行自治。在法兰西和英格兰的君主拒绝成为他们的君主之后，议会自己接过了这项使命。
（拿骚的莫里茨亲王）
为了在法律上和政治上证明这一行为的合法性，他们让豪达的市议会议长弗朗索瓦·弗兰克（FranoisVranck）阐述了他们的立场。在《推论》（Deduction）中，他争辩说，主权传统上是由议会拥有的，在遥远的过去，它被交给了一位伯爵，自从年那位伯爵，即腓力二世被罢免，主权就回到了议会。女王伊丽莎白一世听到这种说法大为震惊，说她从来没有听过这样的事，她一句话也不相信。但在荷兰及其同盟的政治现实中，这就是事实：议会自己掌握了主权，并一直保留到年荷兰共和国灭亡。理论总是来源于实践。书面记录中，议会从未将自己称为“尼德兰联合共和国”（RepublicoftheUnitedNetherlands），而是使用了“联省（UnitedProvinces）一词。年莱斯特伯爵离开后，联省便开始自力更生。年4月，国内政府进行了必要的改革。联省内部的准备已经就绪，现在他们只需要等待外部的机会。而无敌舰队的覆没与法王亨利三世的遇刺无疑是一个最好的时机：为了海上的利益与天主教的权威，西班牙不得不在低地没有稳定的情况下陷入与英格兰与法兰西的战争中。
（女王伊丽莎白，她在西班牙与尼德兰之间周旋，她在位时英国海军击败了第一次无敌舰队）
年，拿骚的莫里茨是荷兰和泽兰的执政。在随后的几年里，他还成了乌得勒支、海尔德兰和上艾瑟尔的执政。他的堂兄威廉·路易之前是奥伦治亲王在弗里斯兰的副手，在奥伦治亲王死后继承了执政一职。威廉·路易在莫里斯之前就学习了古典战争。这在当时的欧洲是很常见的。两人都继续推进奥伦治亲王发起的议会军重组和专业化，也都一直主张进攻是最好的防御。年，威廉·路易在一次三级会议上激烈地争论说，战争应该“全力以赴、一往无前；不能像目前这样只求保护领土不受敌人的侵犯，而是应该去攻占敌人控制的土地”。这就把战场转移到了对手的土地上，战争的损害也就一并让对方承担了。在决定发动进攻性战争后，八十年战争变成了一场“常规”的战争。宗教动机和政治动机仍然存在，但不再有党派纷争。一边是联省，或者说共和国，另一边则是西属尼德兰。自此以后，这场冲突变成了单纯的军事对抗，所有的得失都不需要再分别说明。
年3月，莫里茨的70名士兵乘船潜入布雷达，从内部打开城堡大门，史称“布雷达奇袭”。这次成功让整个共和国为之振奋。第二年的征服遍及全国：东边的聚特芬，代芬特尔和奈梅亨，北边的代尔夫宰尔（Delfzijl），西南的许尔斯特，还有佛兰德。在占领许尔斯特时，莫里茨巧妙地利用了主要河流。奈梅亨沦陷后敌人没有料到会有新的进攻，因为当时接近冬季，部队已被派往冬季驻地。但是莫里茨却让他的人上船，沿着河流航行到佛兰德出人意料地出现在许尔斯特的城门前，不费一兵一卒就让这个城镇投降了。包围和占领格罗宁根是年野战的高潮。所有被占领的城镇都恢复了在所属省份原本的地位。根据投降条款，也就是所谓的“减刑”（Reduction），格罗宁根成了共和国的第七个省。
（荷兰陆军形象)
然而联省军队的行动很大程度上受到了不同省份利益的制约：年对库福尔登和斯滕韦克（Steenwijk）的成功占领让泽兰省很是恼怒，因为这两个地方是西班牙人进攻弗里斯兰（泽兰的竞争对手）的前哨基地。而弗里斯兰也要求军队迅速攻占格罗宁根。如果不尊重各省议会的意愿，那财政就无法得到保证。对格罗宁根的处置也受到了布拉班特省和佛兰德省争议影响，他们坚持要暂时管理新占领的土地，这使得当地的天主教徒非常不满。
罕见的格罗宁根版画，上面有一篇用两种语言写的说明，说明表示，自从“被解放”以来，这个城市的情况更糟了。安特卫普，年
年，议会军在蒂伦豪特（Turnhout）取得了一场惊人的胜利。其令人称道之处在于它的大胆和成功。骑兵在没有莫里茨领导的情况下奇袭了行军途中的皇家野战军，与他们展开了战斗；莫里茨后来才和步兵一起到达，在这场自20年前的里梅纳战役（BattleofRijmenam）以来的首次野战胜利中，英格兰军团发挥了重要作用。1月24日，在冬季进行的这场战斗没有引起布拉班特的反攻。同年晚些时候，莫里茨在海尔德兰领导了一场野战，主要是在该省的阿赫特霍克地区这是他第一次有同父异母的弟弟弗雷德里克·亨利陪同。
弗雷德里克·亨利这时还是一个14岁的热忱少年。这次战役的首要任务是保卫共和国的后门。在整个八十年战争中，位于韦瑟尔（Wesel）以南莱茵河畔的小城莱茵贝格（Rheinberg）始终是保皇党与起义军之间争夺的焦点。从那里可以控制河上的贸易，为部队提供给养。因为这个原因，莱茵贝格在共和国与西属尼德兰之间易手了6次。莫里斯（拿骚的）随后占领了主要河流以北仍在王室统治下的所有城镇：神圣罗马帝国的默尔索（Meurs）和林根，海尔德兰的格罗（Grol）和布雷德福特（Bredevoort），上艾瑟尔的恩斯赫德（Enschede）、奥特马瑟姆（Ootmarsum）和奥尔登扎尔。这些胜利是八十年战争的一座里程碑，用更加深情和富有象征性的话说，“荷兰的花园关闭了”。
联省共和国（右）和西属尼德兰（左）之间战区。例外的是，这张地图显示了蒂伦豪特的两军（中间偏右）。来自弗朗西斯·维尔（FrancisVere）的《评注》（TheCommentaries,beingDiversePiecesofService,WhereinHeHadCommand,WrittenByHimselfinWayofCommentary）（剑桥，年）
在海上，荷兰舰队同样活跃。们的第一次重大成功是对加的斯（Cádiz）的攻击，当时那里正在建造一个新的无敌舰队。英荷联合舰队不仅摧毁了敌舰（年6月21日），还在第二天攻占了这座城市。获胜的船员直到7月5日才离开。三年后，共和国的联合海军部甚至派了一支独立的远征队前往西班牙——在没有英格兰人帮助的情况下。73艘舰艇组成的大型舰队，在海军上将彼得·范·德·杜斯（PietervanderDoes）的领导下，被赋予了一项过于野心勃勃的使命：摧毁西班牙战舰，夺取白银舰队，破坏沿海的城镇，如果可能的话，再包围加那利群岛（CanaryIslands）和圣多美岛（IslandofSāoTomé）。因为没能真正对抗西班牙战舰和白银舰队，他们对圣多美岛和加那利群岛的洗劫比以往更加残酷；加那利群岛的一个博物馆鲜活地保存了对彼得·范·德·杜斯的晦暗记忆。年女王伊丽莎白一世去世后，共和国不得不依靠自己的资源，此外还因为英格兰人同样乐于支持西班牙人而腹背受敌。当时英格兰打着中立的旗号，却将西班牙士兵运送到西属尼德兰。在签署《十二年停战协定》（TwelveYearsTruce）之前，共和国舰队的最后一次主要行动是年在雅各布·范·海姆斯凯克（JacobvanHeemskerck）的指挥下进行的直布罗陀战役。四十年压抑的仇恨仿佛在一个下午爆发了。因为西班牙的船比共和国的大，所以共和国的船用老办法，以两艘为一组包围西班牙的船并登船。大多数西班牙船只都覆没了，共和国的船却无一沉没。这场战役中，约四千西班牙人丧生了，而共和国方面只折损了一百人，尽管其中包括雅各布·范·海姆斯凯克。他是首位被授予国葬荣誉并由国家赞助竖立纪念碑的指挥官。
除了战争舰队，贸易舰队也蓬勃兴起。在第一次成功驶往印度后，新成立的贸易公司之间展开了激烈的竞争，所有这些公司都有着相同的目标：从殖民地商品贸易中赚取尽可能多的钱。竞争使价格急剧下降。在这里，奥尔登巴内费尔特的组织手段也是不可或缺的。通过他的努力，这些公司于年共同成立了荷兰东印度公司（VOC），这是世界上第一家联合股份公司。模仿国家和海军部经过考验的模式，荷兰东印度公司采取了分散式的治理方式，在阿姆斯特丹、鹿特丹、米德尔堡、霍伦和恩克赫伊曾等不同的贸易中心设立了“商会”。马上马车夫的雏形已经形成。
三休战与新生的共和国
年1月，在长期的财政压力以及荷兰海军对海外领土的威胁下，腓力二世终于批准了对共和国的谈和许可。英格兰和法兰西的大使都参与了这场会议并担任了调停人的角色。年2月1日，谈判在海牙的国会议事堂正式开始，这是一场真正意义上的欧洲会议。来自北方和南方的代表分别对坐在一张长桌的两旁。奥尔登巴内费尔特（荷兰议长）与斯皮诺拉（西班牙雇佣兵将领）分别率领北方代表团与南方代表团。在国会议事堂的另一张桌子旁坐着法兰西国王大使皮埃尔·让南（PierreJeannin）、英格兰国王大使、丹麦国王大使，以及来自德意志诸侯国的九名代表，他们作为观察员和顾问出席了这次谈判。如果谈判双方意见分歧过大，这些顾问可以把谈判代表拉到一边，单独与他们磋商。当然，各方都希望由自己来掌控谈判方向。在场的外国代表们都有一个共同的发现：讨论的背后其实是联省共和国的独立问题。
双方围绕西印度航线的航行自由以及低地宗教的决定权争论不休，谈判一度陷入僵局，最后法兰西大使提出了一个提议：双方签订一个为期十二年的休战协议，而不是和平协定。这个提议得到了双方的认可。谈判各方于2月10日在安特卫普再次会晤，恢复谈判。3月9日联省共和国三级会议、国务委员会和荷兰议会暂时从海牙迁至贝亨奥普佐姆的马基耶岑霍夫（Markiezenhof），以便相互之间直接取得联系，讨论出现的任何问题。很明显，这段历史将被记录下来。调解的大使们，特别是皮埃尔·让南，已将议事日程安排妥当。4月9日，他们就主要问题达成一致，之后便是签署休战协议。首先是调解员们签名，接着是大公夫妇的代表在左栏签名，联省共和国的代表则在右栏签名。后者不仅代表了他们自己的省份，更代表了联省共和国三级会议整体。随后，代表团又前往布鲁塞尔和贝亨奥普佐姆，与上级进行了一次磋商。4月14日，所有细节最终敲定，文本正式生效。终于，《十二年停战协定》在安特卫普的市政厅前正式公布。西班牙国王在万般无奈下同意了这份协议（他已经第三次宣布破产），但他仍然坚信，在十二年后，低地会重新回到西班牙的统治之下。
十二年停战协定》的第一条对于联省共和国而言是一次胜利：大公夫妇以自己和西班牙国王的名义保证，他们将把联省视为自由区、自由省和自由的国家，他们对联省没有所有权。紧跟着的是具体实施的细节：《十二年停战协定》有效期为12年，适用于西班牙与联省在世界范围内的定居点、领地和殖民地。《十二年停战协定》的第一条保障了人员和货物的自由流通，禁止任何一方将扣押货物作为制裁另一方的经济和政治手段。至于天主教徒在联省共和国将处于何种地位，以及东印度公司和仍然被封锁着的斯海尔德河，《十二年停战协定》只字未提。实际上，大公夫妇和西班牙国王必须接受目前的军事、宗教和经济现状。
西班牙国王腓力三世承认联省共和国存在的这一举动，令他颜面大失。自年起，不仅其他欧洲国家承认了联省共和国，北非和近东的国家也承认了联省共和国。除了已经进驻尼德兰多年的英格兰和法兰西大使外，其他国家和地区的驻外代表现在也来到了海牙，与此同时，联省共和国也向各地派遣了自己的驻外大使。例如，联省共和国与摩洛哥建立了外交关系；年，科内利斯·哈加（CornelisHaga）成为联省共和国驻伊斯坦布尔大使。借助停战协议带来的和平，联省迅速发展自己的实力。
四八十年战争的终结
八十年战争大致可以以十二年停战为界，分为两个不同的时期。战争之初充满了持续不断的变化，方方面面的群体卷了进来。年后，联省共和国与西属尼德兰之间的冲突看起来更像是一场“常规”战争。年，《十二年停战协定》到期后，这场常规的战争再次打响，与过去一样，发生了多次围城战和零星的战斗。双方都设有大量的防御城镇和防卫堡垒，驻军守卫它们耗费了巨资。与早些年不同的是，现在的军队纪律更加严明，仗打得更加“理智”。除了少数例外情况，城镇和农村的人口不会再承受之前那样的困苦。战争双方都认为对方是不可小觑的对手，大体上都愿意遵守当时通行的战争规则。然而，战争从来就不是干干净净的。与休战前相比，如今的这场战争更多是一场经济战，双方都采取禁运和封锁的手段。从8年荷兰人在东印度取得突破开始，这场战争越发带有全球化的特点，双方在欧洲以外地区的战争，直接影响到了国内的政治和军事政策。最后一点，尼德兰南北两方的心态出现了差异。北方人意识到他们是一个新的民族，而这种感觉将长期存于他们的意识里；南方人也有了民族意识——认为他们属于一个忠于天主教和西班牙王室的国家。
西属佛兰德舰队和敦刻尔克的私掠船一直是联省共和国的眼中钉，造成了严重的危害。在年的这幅图中，联省议会的船只将一艘私掠船逼到了北荷兰省的滨海卡特韦克与卡斯特里克姆之间的海岸。船员们逃上海岸求生与八十年战争前半段的情况一样，欧洲其他地方的事态发展在战争后半段发挥了决定性作用。在过去，联省共和国借西班牙派遣无敌舰队远征英格兰、腓力二世干涉法兰西内政之机，巩固了自己的地位。现在，三十年战争（—）、曼托瓦（Mantua）爵位继承战（—）、法西战争（）、葡萄牙脱离西班牙统治的起义（—）和加泰罗尼亚起义（—），大大减轻了西班牙对联省共和国的军事压力。此时与战争前半段的显著不同还在于海战的特点。过去，阿尔瓦公爵和雷克森斯抱怨缺少一支舰队。布鲁塞尔和马德里汲取前半段战争的教训，在休战期间就开始在敦刻尔克和奥斯坦德建造军舰和私掠船。军舰组成了皇家舰队，而私掠船则由私人经营，许多私掠船主是北方人。皇家舰队和私掠船一起，重创了联省共和国的船只。
《十二年停战协定》到期后，双方都开始思考下一步该怎么走是继续休战若干年，最好是变停战协定为和平协议，还是重新开战？两方阵营内部都存在分歧：继续休战有好处，重启战争也有好处。无论如何，布鲁塞尔与海牙的谈判在休战期满前就开始了。目前局势中有利的一点是，年协定里列出和未列出的条件，都可以作为双方的谈判起点。
年至年间，即从《十二年停战协定》签订到《明斯特和约》签订之间的整段时期，布鲁塞尔（马德里在背后支持）与海牙之间进行了多轮会谈。每当危机重重之时，或每当一方似乎取得了对另一方的决定性优势时，双方就会展开对话。当然，每一方都想在自己占优势时开始进行谈判，而不是在自己占劣势时。西班牙已不再抱有征服联省共和国的幻想。休战期间，联省共和国的经济相当地繁荣起来，在亚洲开辟了许多新地盘，而西班牙则颜面尽失、毫无进展，这令西班牙及其盟友非常恼火。年，三十年战争在神圣罗马帝国爆发，战争的一方是信奉天主教的帝国皇帝及其盟友，另一方则是信奉新教的选帝侯及其外国盟友。三十年战争的爆发对局势产生了巨大影响。
年4月9日《十二年停战协定》到期，此时延长休战期的谈判仍在全面进行中，因此，正面的军事冲突并没有直接重启。然而，经济战却立即打响，双方都志在必得。西班牙国王下令立即对如下船只和货物关闭伊比利亚半岛的港口：悬挂荷兰旗帜的船只在联省共和国建造的船只，以及来自联省共和国的货物，哪怕这些货物是由中立国的船只运输的也不行。西班牙严格执行着新规定几乎没有货物能通过这密不透风的监视网。这自然对英格兰、汉萨同盟的城镇以及其他国家和地区的航运公司大大有利，他们只要发现可疑的荷兰走私者，总是第一时间向港务局举报。在荷兰方面每年的3月1日至10月底，联省共和国都会派出一支舰队封锁佛兰德的港口。此外，联省共和国还向对敌贸易征税，并禁止从佛兰德和布拉班特进口货物，以刺激本国产业的发展。它还巧妙地控制沿河的贸易，成功地阻断了敌军的补给线。
年，弗雷德里克·亨利继承了莫里茨亲王的职位。像奥伦治亲王威廉的时代一样，荷兰又出现了一个王朝。弗雷德里克·亨利在外交政策中发挥了主导作用。在与西班牙的谈判中，他虽反感英格兰和法兰西的干预，但仍与英法两国保持着友好的关系。他的儿子威廉在15岁时迎娶了英格兰国王查理一世（CharlesI）的女儿玛丽·亨丽埃塔·斯图亚特（MaryHenriettaStuart）。这门高攀的婚事对弗雷德里克·亨利而言相当划算，既满足了他延续王朝统治的野心，又满足了他在欧洲提高奥伦治家族声望的渴望。由于联省共和国在与西班牙作战，亨利需要与法兰西建立良好关系。年，他本人及联省共和国帮助法兰西孤立并占领了胡格诺派的中心之一拉罗谢尔港。作为交换条件，法兰西每年都向联省共和国提供一笔可观的战争补贴金，并授予亲王“殿下”（SonAltesse）的光荣称号。
从年开始，共和国就开始不断蚕食西属尼德兰的土地，首先是北部的天主教飞地，然后是南边直属布鲁塞尔的领地。同时在海上，联省的海军也开始狩猎西班牙的运输舰队。年9月8日和9日，一支西班牙的“白银舰队”正载着中南美洲的西班牙银矿产出的白银前往塞维利亚（Sevilla），途经古巴的马坦萨斯湾（BayofMatanzas）时遭到了袭击，被尼德兰人击败。这些产自美洲的白银每年分两批送回西班牙，是西班牙政府的主要收入来源。现在，白银落入了“叛军”之手。舰队只有三艘船但运载的白银市值万荷兰盾，相当于联省共和国军队年度预算的三分之二。忙于三十年战争的神圣罗马帝国尝试组建一支与西班牙人的联军，但却因为被弗雷德里克占领了战线薄弱点而不得不撤退，联军的失败导致斯海尔托亨博斯的沦陷，这座坚城的沦陷带给南方贵族极大的恐慌。不过，西属尼德兰对西班牙保留的忠诚以及意大利战事的结束阻止了共和国的继续挺进。
年，西班牙在低地地区准备了超过四万人的强大军团，这一军力当然并非单纯应对尼德兰人——法兰西已经和尼德兰联省共和国签订了盟约，一起向西班牙发起战争。战争之初双方陷入了拉锯，然而在卡洛战役和圣奥梅尔战役中，联省军和法军分别遭到了惨败，西班牙开始策划进一步的攻势。
西班牙人筹建了第二支无敌舰队，试图掌控低地的海上控制权。然而这支舰队却在尼德兰天才将领马尔滕·哈珀特松·特龙普（MaartenHarpertszoonTromp）指挥的联省共和国海军面前遭遇惨败。虽然在英格兰人的帮助下，船上运载的西班牙步兵大部分生还，但船只和水手的空缺难以迅速弥补。最终，年的一系列事件使西班牙准备与联省共和国和解首先，它在对法战争中失去了阿图瓦。其次，它面临着国内的起义先是加泰罗尼亚人起义反抗国王的统治，12月的葡萄牙起义又在马德里引起了极大的恐慌。葡萄牙从古老的葡萄牙贵族布拉甘萨家族（HouseofBraganca）中选出了自己的国王，宣布独立。联省共和国立即承认葡萄牙的独立，兴致勃勃地向该国提供食物和军备，甚至出兵增援葡萄牙军队。
年和年，对西班牙来说是灾难性的两年。随着卡斯蒂利亚人口的减少和人民生活的日渐贫困，它发现自己夹在了葡萄牙与加泰罗尼亚两个动乱地区之间。但是，它仍坚守着自己的立场。战争似乎陷入了僵局，直到年5月19日，西班牙军队在罗克鲁瓦惨败于法兰西的大孔代亲王之手，西班牙反击时夺回的领地相继陷落。年，西属尼德兰的城镇萨斯范亨特（SasvanGent）落入联省共和国之手，格拉沃利讷落入法兰西之手。年对西属尼德兰来说又是灾难性的一年。首先，内部的争吵再次分裂了军队领导层。其次，法兰西在与西属尼德兰接壤的边境取得了一系列胜利。再次，弗雷德里克·亨利攻占了许尔斯特。结果为了避免被抢劫，佛兰德大部分地区不得不向他缴纳贡金。此外，城镇萨斯范亨特和许尔斯特周边的战争越来越激烈，炮火不断，破坏不断。在危机中，西属尼德兰议会呼吁立即与联省共和国谈判。联省共和国明确表示可以进行会谈，但他们之间的谈判只能是广义上的明斯特和平谈判的一部分。年，尽管取得了上述进展，联省共和国和法兰西军队还是再次发起了军事行动。法兰西人沿着海岸向北移动，就像年弗雷德里克·亨利在马斯河（默兹河）北岸发动的战役中一样，法兰西人几乎没遇到什么抵抗。这次战役的高潮是攻占敦刻尔克。西属尼德兰几乎丧失了抵抗的意志。
（罗克鲁瓦战役标志西班牙陆上霸权的结束）
五来之不易的和平
相比野心勃勃的法兰西人，西班牙人终于觉得，和尼德兰谈和也是一条不那么坏的选择。经过几个月年12月，主要国家同意在明斯特和奥斯纳布吕克（Osnabrück）同时举行和平谈判。和谈从年7月开始，而联省共和国甚至不能就出席人选和谈判指示达成一致。直到年7月14日，各省才以六票对一票决定派代表到明斯特；此时，泽兰和其他一些利益集团仍不妥协。代表团直到年1月才抵达明斯特。与此同时，布鲁塞尔定期向弗雷德里克·亨利派遣代表团，试图与联省共和国缔结单独的和平协议。他们尽力想让他相信，法兰西的崛起势不可当且几乎不可能符合联省共和国的利益。而联省应该与其他新教国家以及西班牙一起对抗法兰西。弗雷德里克·亨利向他们保证，他致力于和平，但他不希望被任命为海尔德兰公爵，因为西班牙的这份礼物在联省共和国不可能受欢迎。
9月，荷兰在三级会议提议，不再讨论新的休战协议，而是要达成一项真正的和平条约。10月27日，该提案获得通过，仅泽兰一票反对。泽兰再次独自大吵大闹，嚷嚷着提案破坏了乌得勒支同盟。12月，联省共和国代表再次来到明斯特，讨论最后遗留的问题。佩尼亚兰达伯爵觉察出了联省共和国代表遵循的秘密指示，即任何阻碍都不应成为达成协议过程中的绊脚石。在佩尼亚兰达伯爵的谨慎